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在南非,对于每种植物最主要的威胁已经通过南非红色濒危物种名录确定。对南非植物区的主要威胁包括基础设施发展,城市扩张,作物种植,木材种植和开矿。自然植物们的生存环境被不可逆转的破坏。这种自然环境上的损失是迄今为止对南非植物造成的最严重的伤害。总共影响了1600多个种群,其中大多都属于多肉植物。外来侵入植物物种超过本土植物物种是另一个可怕的威胁。同时还出现了严重的栖息地退化,包括过度放牧,不适当的自然火灾管理(包括太频繁,太少或完全不发生季节性火灾),清除森林和热带草原上的灌木和树木等。这些不良因素可能会使自然植被完好无损,但却会干扰甚至破坏重要的生态系统,导致对环境较为敏感的物种的流失。 收获这种利益是不可持续的,因为这些利益来自于破坏性地去除野生植物和毁灭它们的栖息地,用于本地和国际贸易的树皮(药用和观赏植物)以及建筑和工艺材料。而另一个潜在危害是人口因素,包括由于人口密度高而导致的种群繁殖成功率低。同时环境上还受水,土地或空气的污染。对化学物质敏感植物,通常是受有害工业和农业化学物质影响而灭绝,如堆积的化肥,杀虫剂和除草剂。物种动力学的变化表明由于本地物种收到自然相互作用的干扰,如传粉媒介和分解者的丧失。而因此受到威胁的物种就容易灭绝。通常,严重的生存环境干扰可能会使一些本地物种具有竞争优势,然后以与外来入侵植物“同流合污”,并且替代其他较为脆弱敏感的本地物种。而气候变化也已被确定为对部分植物的威胁,特别是因气候变化而导致无法正常休眠或者繁殖的植物就会大面积的死亡。而且因人为因素造成的气候变化并不容易预测,所以南非的一部分植物是相当危险的。目前当地有约25%的物种正处于濒危状态,有0.2%的物种在野外已经灭绝,例如番杏科金绳玉属的多肉植物海葵(Jordaaniella anemoniflora),在野外已经绝迹。